Esta nueva edición de Sobre la esencia incorpora como principal novedad un apéndice con las anotaciones de Xavier Zubiri a su propio ejemplar de la primera edición (1962), conservado en su biblioteca personal. Se trata de indicaciones de Zubiri en el mismo texto y de fichas manuscritas, añadidas al libro, en las que Zubiri iba matizando,
corrigiendo e interpretando su propio pensamiento. Estas anotaciones
hacen ahora posible entrever el modo en que la reflexión filosófica
posterior de Zubiri, que culminaría en la trilogía sobre la
Inteligencia sentiente (1980-1983), hubiera podido afectar a algunos de
los contenidos de Sobre la esencia.